Das NS-Regime schuf nicht nur neue Formen der Repression und des Justizterrors. Es bediente sich zugleich auch der vorhandenen Justizbehörden und der bereits bestehenden Gefängnisse und Zuchthäuser, um politische Gegner oder andere missliebige Personen zu inhaftieren. Die große Mehrheit der Justiz- und Strafvollzugsbeamten stellte sich engagiert oder zumindest pflichtbewusst der Rechtsprechung im Nationalsozialismus zur Verfügung.
Das Rechtswesen und der Strafvollzug wurden durch den Erlass neuer Sondergesetze und die Einrichtung von Sondergerichten verschärft und spürbar enthumanisiert. Die wichtigsten Haftstätten in Thüringen befanden sich in Gräfentonna, Hohenleuben, Ichtershausen und Untermaßfeld. Die Zahl der Gefängnisinsassen und insbesondere der politischen Gefangenen stieg rapide, zugleich verschlechterten sich die Haftbedingungen. Nach Verbüßung einer Haftstrafe drohte in vielen Fällen die Überstellung in ein Konzentrationslager. Besonders während des Zweiten Weltkrieges wurden Justizhäftlinge in großem Umfang zur Zwangsarbeit verpflichtet, teilweise auch in Jena.
Das Thüringische Oberlandesgericht Jena verhängte in zahlreichen Fällen längere Haftstrafen und auch Todesurteile, andere Jenaer Bürger wurden vom Sondergericht Weimar abgeurteilt. Seit Kriegsbeginn konnten Todesurteile auch für Eigentumsdelikte verhängt werden, weil diese als „kriegswirtschaftsschädliche“ Vergehen eingestuft wurden. Die größte Hinrichtungsstätte des Landes Thüringen befand sich im Gebäude des Landgerichts Weimar. Bürger aus Jena wurden jedoch auch an anderen Orten hingerichtet. Namentlich bekannt geworden sind bisher etwa 30 Einwohner der Stadt bzw. hier inhaftierte oder abgeurteilte Personen, die erhängt oder enthauptet wurden oder an den Folgen der Straf- und Untersuchungshaft verstarben. Tatsächlich waren es vermutlich wesentlich mehr.
Im Mai 2005 wurde im Foyer des Anatomischen Instituts der Universität Jena eine Gedenktafel angebracht. Sie erinnert auch an die hingerichteten Personen, die zu Justizopfern des Nationalsozialismus wurden und deren Leichen in die Anatomie nach Jena überführt worden sind.
