Unmittelbar nach der Machtübertragung an die NSDAP entstanden im Deutschen Reich ca. 100 zumeist kleinere Konzentrationslager (KZ), in denen v. a. politische Gegner des neuen Regimes inhaftiert wurden. Sie wurden von der Polizei, SS oder SA betrieben.
Die Einweisung erfolgte meist ohne Gerichtsurteil und auf unbestimmte Zeit. Die Haft prägten stets Willkür, Mangel und Gewalt. Unter den Gefangenen der „frühen“ Konzentrationslager Lichtenburg (Sachsen-Anhalt) und Bad Sulza (Thüringen) befanden sich Dutzende Einwohner Jenas. Im Zuge der Unterstellung der KZ unter die Kontrolle der SS wurden viele dieser kleineren Lager zugunsten weniger, aus großen Barackenarealen bestehenden Stammlager geschlossen.
In Thüringen übernahm das KZ Buchenwald ab 1937 die Funktion des Stammlagers. Inhaftiert wurden zunehmend auch Menschen, die nach rassistischen, religiösen (Zeugen Jehovas) oder „sozialhygienischen“ (so genannte „Asoziale“ und „Berufsverbrecher“) Kriterien aus der „Volksgemeinschaft“ ausgeschlossen wurden. Da die Unterlagen der Lager oft nur unvollständig überliefert wurden, lässt sich die Zahl der Jenaer Bürger, die 1933-1945 in ein KZ deportiert wurden, nicht mit Sicherheit ermitteln. Sie lassen sich in nahezu jedem KZ-Stammlager nachweisen. Neben den Sinti und Roma und Opfern der NS-Judenverfolgung starben mindestens 30 weitere Jenaer Bürger an den Folgen ihrer KZ-Haft.
Nach Kriegsausbruch wuchs die Zahl der ausländischen Häftlinge, die bald die Mehrheit bildeten. Auch aus Jena wurden ausländische Zwangsarbeiter in das KZ Buchenwald überstellt, mehrere von ihnen starben. Besonders in der zweiten Kriegshälfte wurden Hunderttausende der Häftlinge in den Stamm- und neu gegründeten Außenlagern als Sklavenarbeiter für die Kriegswirtschaft ausgebeutet. In Jena entstand im Oktober 1944 neben dem Reichsbahnausbesserungswerk ein KZ-Außenlager, mehr als 50 Tote unter den Insassen sind namentlich bekannt geworden. Tatsächlich waren es wohl wesentlich mehr.
Am 11. April 1945 trieben SS-Wachmannschaften tausende Häftlinge aus dem KZ Buchenwald in einem Todesmarsch durch die Stadt. SS, Jenaer Volkssturm und Polizei ermordeten an diesem und dem folgenden Tag Dutzende der Häftlinge, von denen die meisten namenlos blieben.
