Während in der Weimarer Republik die Gerichtsbarkeit über Angehörige der Reichswehr in der Regel den allgemeinen Justizbehörden oblag, führten die Nationalsozialisten 1934 wieder eine gesonderte Militärgerichtsbarkeit ein. Diese wurde Ende August 1939 mit dem Inkrafttreten der Kriegsstrafverfahrens-Ordnung und -sonderstrafrechts-Verordnung verschärft und im Verfahrensgang beschleunigt.
Die Militärgerichtsbarkeit expandierte während des Krieges personell und strukturell, die Urteile wurden in zunehmendem Maße ideologisch begründet. Die Zahl der Todesurteile wegen mangelnder Kampfbereitschaft und versuchter Fahnenflucht nahm stetig zu. Die reguläre Wehrmachtsjustiz und die immer häufiger eingesetzten Standgerichte gerieten zu einem Terrorinstrument, um den Gehorsam der Truppenverbände im Sinne des Regimes zu gewährleisten.
Hingegen wurden Verbrechen gegen einheimische Zivilisten insbesondere in Osteuropa nur sehr selten bestraft. Vermutlich verhängte die Wehrmachtsjustiz mindestens 20.000 bis 30.000 Todesurteile gegen Angehörige der Streitkräfte, von denen mehr als 90 Prozent vollstreckt wurden. Haftstrafen mussten in regulären Vollzugsanstalten, vielfach auch in Arbeitslagern und -kommandos verbüßt werden, wo die Bedingungen des Überlebens in der Regel sehr schlecht waren.
Zudem wurden zahlreiche Wehrmachtsangehörige in Strafeinheiten versetzt, die an den vordersten Frontabschnitten eingesetzt wurden und hohe Verluste erlitten. In der Bundesrepublik Deutschland erfolgte die Rehabilitierung dieser Opferkategorie erst nach Jahrzehnten erbitterter Debatten, die im September 2009 durch die Aufhebung aller Urteile wegen „Kriegsverrat“ ihren vorläufigen Abschluss fanden.
Bislang konnten 13 Opfer der Militärjustiz aus Jena nachgewiesen werden. Dabei dürfte es sich jedoch nur um einen Teil der tatsächlichen Opfer handeln, da die dürftige Quellenlage sowohl eine Identifizierung der gefallenen Angehörigen von Strafeinheiten als auch von anderen Opfern der Militärjustiz oftmals nicht mehr zulässt.
